В структуру ГУФСИН по Красноярскому краю входят 23 учреждения, в том числе пять СИЗО, две тюрьмы (из семи в России), одна воспитательная колония для несовершеннолетних, две колонии для женщин (ИК-22 и ЛИУ-32), крупнейшее в системе ФСИН лечебно-профилактическое учреждение, а также исправительный центр № 1 и 11 изолированных участков, функционирующих как исправительные центры.
СИЗО предназначены для подозреваемых и обвиняемых, которым суд избрал меру пресечения в виде заключения под стражу. Кроме того, там могут содержаться осужденные, оставленные для хозяйственных работ, и те, чей приговор уже вступил в силу, но они еще не этапированы в колонию. В крае работают СИЗО-1, -3, -4, -5 и -6.
Исправительные колонии — это учреждения для отбывания лишения свободы. Они делятся на колонии-поселения, а также колонии общего, строгого и особого режимов. Внутри одной колонии могут создаваться изолированные участки с разными условиями содержания.
В колониях-поселениях осужденные содержатся без охраны, но под надзором. Они могут свободно передвигаться по территории, носить гражданскую одежду, пользоваться деньгами без ограничения, получать посылки и иметь неограниченное число свиданий. С разрешения администрации допускается выезд за пределы колонии в границах муниципалитета, а в отдельных случаях — проживание с семьей.
Колонии общего режима предназначены для мужчин, впервые осужденных за тяжкие преступления, и для женщин, осужденных за тяжкие и особо тяжкие преступления. В обычных условиях разрешается тратить до 11 800 рублей в месяц, иметь шесть краткосрочных и четыре длительных свидания в год, получать шесть посылок и бандеролей. В облегченных условиях лимиты увеличиваются, в строгих — сокращаются: меньше свиданий, передач и денег, прогулка — полтора часа в день.
В колониях строгого режима отбывают наказание мужчины, впервые осужденные за особо тяжкие преступления, а также при рецидиве. Лимиты по расходам — от 9 400 до 11 800 рублей в зависимости от условий, от двух до четырех свиданий в год и ограниченное число передач.
Особый режим предусмотрен для мужчин при особо опасном рецидиве, осужденных к пожизненному лишению свободы и тех, кому смертная казнь заменена лишением свободы. В строгих условиях — камерное содержание, одна посылка в год и одно длительное свидание, ежедневная прогулка — полтора часа.
Тюрьмы — наиболее изолированный формат. Осужденные содержатся в запираемых камерах, прогулки проходят покамерно. В общем режиме разрешается тратить до 9 400 рублей в месяц, иметь два краткосрочных и два длительных свидания в год. В строгом режиме — еще меньше: одно длительное свидание и одна посылка в год.
Отдельно действуют лечебно-исправительные и лечебно-профилактические учреждения — для осужденных с открытой формой туберкулеза, больных алкоголизмом и наркоманией. В регионе работает крупнейшее такое учреждение в системе ФСИН.
Для несовершеннолетних предназначена воспитательная колония — в крае она одна.
Также функционируют исправительные центры и УФИЦ — здесь отбывают принудительные работы как альтернативу лишению свободы. Осужденные работают, пользуются телефонами и интернетом, могут получать краткосрочные выезды за пределы центра, в том числе в отпуск. Принудительные работы назначаются за преступления небольшой и средней тяжести либо впервые совершенные тяжкие, но не применяются к несовершеннолетним, инвалидам I–II группы, беременным, женщинам с маленькими детьми и военнослужащим.